由于新抗原预测的复杂性，通常只能确定一小部分预测的新抗原与新抗原驱动的免疫反应有关。进一步缩小所选候选范围的方法之一是使用液相色谱和串联质谱分析评估预测的肽是否实际上与分子结合。在上分离多肽的最佳方法是使用泛抗I类或II类抗体对肽复合物进行免疫亲和纯化。通常，深入的免疫肽组分析需要10个细胞，这将有助于鉴定分子上呈递的数千种肽。分析的灵敏度和准确性必须达到极高的水平，才能对免疫肽组进行详细分析。使用搜索引擎将获得的光谱与数据库中肽序列的理论光谱进行比较识别结合肽。由于包含数据库等知识库中的已知突变可能会增加假阳性率，因此基于全外显子组和转录组测序信息的更好的个性化和定制参考数据库可以识别参考蛋白质序列数据库中不存在的私有肽。不幸的是，尽管生物信息学方法和深入的分析能够准确鉴定数千种肽，但仅鉴定出了源自预测的新抗原的少数新表位。这些结果表明，翻译后修饰或新抗原表达水平低可能导致新抗原检测不足。分析有很大的优势在鉴定在癌细胞上的分子中高表达的新表位;然而，提高分析灵敏度和改善生物信息学分析对于最大化免疫肽组分析在临床应用中的潜力至关重要。应当指出，免疫肽组分析必定需要进行功能性检测，以评估已鉴定出的新抗原的免疫原性。
近年来，已经广泛研究了几种在癌症免疫治疗中增强介导的抗肿瘤免疫应答的方法。针对癌症特异性新抗原和共享抗原的癌症肽疫苗可以激活或诱导癌症患者的抗原特异性。共享抗原的免疫原性已在许多临床研究中得到证实，包括出国看病服务机构小组的报道。如前面所提到的，新抗原是由在癌细胞中的体细胞突变产生的免疫原性非自肽;因此，它们作为癌细胞特异性抗原引起了人们的广泛关注。
筛选新抗原反应性T细胞并开发T细胞受体工程化T细胞的工作流程。对于来自全外显子组和测序数据的新抗原候选物，可以合成串联小基因或肽，包括突变的氨基酸。这些肽或小基因可以在患者的自体抗原呈递细胞测定，将患者的T细胞与这些共培养，以鉴定新抗原反应性T细胞。患者的T细胞特异性识别的肽将用于基于新抗原的癌症疫苗治疗。在这些新抗原反应性T细胞中对进行测序可以确定对序列，并使用慢病毒载体系统在患者的T细胞中表达。然后以工程T细胞疗法重新注入患者体内。
新抗原特异性T细胞已经显示出积极的临床结果。日前，I期临床试验的结果进行了报道，评估了个性化的新抗原疫苗方法来治疗黑色素瘤患者。这两项研究发现，新抗原特异性疫苗治疗诱导T细胞，并表示基于新抗原疫苗的潜在好处。结果表明，在接种疫苗的25个月后，有6例接种疫苗的患者中有4例没有复发，而2例复发性疾病的患者通过接受抗配体抗体的后续治疗已完全消退。结果显示，在13位接受疫苗接种的患者中，有8位具有较强的免疫反应，并且在12-23个月内无复发。其余5例转移性疾病患者中有2例经历了疫苗相关的客观反应。这些结果表明，新抗原疫苗可能是诱导癌症患者新抗原特异性T细胞的有前途的治疗选择。
此外，由于使用工程T细胞的过继免疫疗法在最近的临床试验中显示出令人鼓舞的结果，因此正在广泛研究中。通过这种方法，鉴定癌症抗原特异性并用改造的T细胞进行输注疗法可以诱导非常有效的介导的抗癌免疫力，特别是对于宿主免疫系统被广泛抑制的晚期肿瘤。2006年，首次报道了用工程改造的T细胞进行过继T细胞治疗。修饰的淋巴细胞成功地介导了人类的肿瘤消退。对特异性工程改造的T细胞进行了最彻底的检查，在滑膜细胞肉瘤，黑色素瘤和骨髓瘤患者中，超过50％的患者观察到客观反应。上在人类新抗原特异性-改造的T细胞疗法目前，还没有公布的数据。但是，临床前研究显示了令人鼓舞的结果，新抗原特异性工程改造的T细胞对大型实体瘤也有效。
根据近年来的研究结果，可以认为新抗原是T细胞癌症免疫疗法的有希望的治疗靶标。新抗原的肿瘤限制表达突出了它们在临床环境中的特异性和潜在的安全性。但是，新抗原特异性T细胞治疗进展的关键速率限制因素是新抗原预测的准确性不足，包括结合亲和力，单个癌症患者中预测肽的免疫原性以及交叉反应性肽。需要进一步的研究来建立具有有效有效性测定的精确的新抗原预测。 |
