肿瘤浸润性T细胞反应性与肿瘤组织相容性

　　肿瘤浸润淋巴细胞来自两个长期存活者，表明正在进行的免疫应答。他们的肿瘤浸润淋巴细胞表现出对自体肿瘤细胞系的强反应性，为出国看病服务机构提供了一种有效的工具来筛选预测的新表位文库，其方式与其他人之前进行的类似。这样就鉴定出总共八个新抗原表位，具有通过自身肿瘤浸润淋巴细胞激活干扰素-ｙ释放和脱粒的能力。只有8出来的230突变的新表位的预测结合组织相容性复合物-I是由患者的肿瘤浸润淋巴细胞确认类似的观察从他人识别的发现。
　　 可以预期，对这八个表位具有特异性的T细胞克隆存在于肿瘤浸润淋巴细胞中，这些克隆全部来自在肿瘤细胞中mRNA水平高表达的蛋白，这表明这些相同的表位应在组织相容性复合物I类上呈递。肿瘤细胞的表面。然而，情况并非如此，如通过泊松检测质谱法分析对与肿瘤细胞上组织相容性复合物I类实际结合的那些肽的泊松检测质谱法分析所显示的。实际上，与组织相容性复合物转换相比，细胞蛋白质转换的速率高10,000倍，这使得从给定蛋白质衍生的肽很少在与组织相容性复合物I类复合的细胞表面表达。
　　 通常，T细胞识别和泊松检测质谱法检测之间的差异归因于泊松检测质谱法敏感性差。缺乏与数据无关的采集格式相关联的假阴性的，的跟踪组织相容性复合物-I的亲和分离过程中配合物，泊松检测质谱法灵敏度的校准到单个渺摩尔，通过添加内标物的水平，以及以低于肿瘤浸润淋巴细胞识别的浓度加载到肿瘤细胞上的回收和泊松检测质谱法检测肽，由于泊松检测质谱法敏感性而难以与新表位检测失败相协调。这就是说，肽–组织相容性复合物I类复合物的不稳定性以及含半胱氨酸或疏水性很强的肽的敏感性降低是出国看病服务机构目前质谱方法的局限性。通过功能分析鉴定激活T细胞的肽并通过泊松检测质谱法并行检测呈现在肿瘤细胞组织相容性复合物I类上的肽的方法为出国看病服务机构提供了独特的方法学比较。从比较中可以得出几个重要的结论，指出这两种方法各自的优点和局限性。
　　 首先，出国看病服务机构可以得出结论，出国看病服务机构的质谱方法可以检测出黑色素瘤细胞上呈现的三种人类白细胞抗原A2限制性新表位。对于其中之一，出国看病服务机构能够通过自体肿瘤浸润淋巴细胞和患者外周血中特定T细胞的扩增显示出识别能力。尽管如此，出国看病服务机构仍无法特异性地识别出识别新表位CCT4的T细胞克隆，这很可能是由于与肽或组织相容性复合物右旋体的结合不良导致难以富集该T细胞群体，因此出国看病服务机构没有机会证明这些CCT4特异性T细胞对肿瘤的预期识别。
　　 对于患者肿瘤组织相容性复合物I类上由泊松检测质谱法鉴定的另外两个表位，出国看病服务机构可以明确证明这些表位未被自体肿瘤浸润淋巴细胞识别。由于这些表位在用肽负载的培养外周血单核细胞后被证明具有免疫原性，因此缺乏反应性的一种解释是抗原水平低。出国看病服务机构期望吞噬的细胞碎片的树突细胞交叉呈递不能显示出肿瘤完整蛋白质组中的大部分组织相容性复合物-I结合肽，并且交叉呈递树突细胞活化新表位特异性CD8T细胞的可能性会随着突变体的丰度而降低源蛋白减少。当丰度低于通过引流淋巴样组织中的树突细胞进行启动和扩增的阈值时，循环中和淋巴样T细胞的全部功能可能不会被激活，扩展和部署以用于新表位识别。缺乏表位识别也可能反映免疫优势，其中免疫反应仅靶向所展示的许多抗原肽中的少数抗原肽，从而减少了针对非优势表位的天然反应或由于无效的表位交叉展示。但是，患者肿瘤浸润淋巴细胞反应没有明显的优势。黑色素瘤患者的MDSC和调节性T细胞介导的外周耐受机制也可能限制肿瘤浸润淋巴细胞对这些抗原的反应能力。新抗原表达的异质性导致T细胞与单个亚克隆突变发生反应，而不与克隆突变发生反应，这也可能解释了对某些表位缺乏反应性。
　　 据报道，由于锚定残基和T细胞受体接触的变化，新表位的免疫原性均出现。在出国看病服务机构的研究中，与相应的野生型肽相比，大多数能够激活肿瘤浸润淋巴细胞的新表位均未获得与人类白细胞抗原A2的结合亲和力。人类白细胞抗原A2稳定化测定证实，只有来自患者肿瘤的AGPS和MYLIP肽的结合增加。同样，相应的野生型抗原决定簇不能激活肿瘤浸润淋巴细胞，表明对野生型抗原的耐受性尚未破坏。因此，这些发现与Fritsch及其合作者的发现一致在分析40种人类癌症的新表位时发现突变，这些突变位于新表位的面向T细胞受体的残基而不是锚定残基中，这些突变诱发与消退或长期疾病稳定性相关的免疫反应。
　　 符合预期，干扰素-ｙ导致肿瘤表面和组织相容性复合物I类APM各种成分的组织相容性复合物I类水平升高。另外，通过泊松检测质谱法在干扰素-ｙ处理的未检测患者肿瘤细胞中检测到了源自蛋白ETV6的新表位的组织相容性复合物呈递。这可以通过观察到的组织相容性复合物I类的总体增加来解释，或者更可能是由干扰素-ｙ介导的免疫蛋白酶体的表达增加所诱导的肽库改变所解释，表达明显增强。与提出的ETV6肽一致，与未分选的肿瘤浸润淋巴细胞相比，出国看病服务机构还可以检测到该肽特异的右旋体分选的肿瘤浸润淋巴细胞对肿瘤细胞的增强识别。而且，用干扰素-ｙ处理的患者肿瘤细胞，但未处理的肿瘤细胞未显示出对富含对KDELR2表位特异的T细胞富集的肿瘤浸润淋巴细胞的刺激。然而，由于该表位的疏水性，出国看病服务机构无法用泊松检测质谱法证实KDELR2表位在经干扰素-ｙ处理的肿瘤细胞上的组织相容性复合物I类表达。干扰素-ｙ治疗的肿瘤细胞也被新表位NUP210特异的肿瘤浸润淋巴细胞识别，但是活化仅导致脱粒，而不引起干扰素-ｙ的产生。
　　 其他几种可能的解释可能解释了肿瘤细胞的肿瘤浸润淋巴细胞识别与肿瘤组织相容性复合物I类上肽的泊松检测质谱法检测之间的差异。更好地理解这些不同结果的基础对于临床应用最佳方法的未来发展至关重要。由于肿瘤浸润淋巴细胞被组织相容性复合物I类抗体阻断，因此出国看病服务机构的数据强烈反对非特异性活性，并支持肿瘤浸润淋巴细胞被表位或组织相容性复合物I类复合物激活的解释。一种可能性是，部分结果可以通过肿瘤浸润淋巴细胞上的T细胞受体与肿瘤细胞表面上未鉴定的肽的交叉反应来解释。在没有体内发生的外部生物力的情况下用于筛选的高浓度肽并且通常调T细胞受体识别，促进抗原歧视和T细胞的低拷贝数的组织相容性复合物活化，鼓励这种T细胞受体的交叉反应性。
　　 肿瘤浸润淋巴细胞筛选结果与泊松检测质谱法方法之间差异的另一种可能的解释是，对于已知物理化学挑战性肽和非常弱的结合剂，出国看病服务机构的泊松检测质谱法方法的灵敏度存在局限性。此限制可能解释了出国看病服务机构难以通过泊松检测质谱法检测肿瘤浸润淋巴细胞检测到的两个表位的困难，并限制了泊松检测质谱法检测方法对此类肽的实用性。也就是说，在泊松检测质谱法分析之前，这些异常值很容易被标记为有问题的。MART-1基因表位特别受关注，因为该表位被广泛用作肿瘤抗原的原型，而且在T细胞受体修饰的T细胞的临床试验中也是如此。尽管MART-1基因表位转录速率极高，但wtMART-1表位肽对人类白细胞抗原A2的亲和力要比异质性MART-1基因表位对应物低几个数量级，并且已记录到与MART-1基因表位肽或人类白细胞抗原A2复合物异常的T细胞受体结合。后者将促进T细胞受体交叉反应，这也可能解释了肿瘤相关抗原异质MART-1基因表位与肿瘤浸润淋巴细胞结合的不一致以及在没有泊松检测质谱法检测患者肿瘤细胞上天然MART-1基因表位的情况下对它们的刺激。
　　 泊松检测质谱法方法的优势在于，即使患者的肿瘤浸润淋巴细胞不可用或没有反应性，阳性识别也可以明确显示组织相容性复合物I类在患者肿瘤上的表现。由泊松检测质谱法检测到的AGPS和ENC1新表位被证明存在于肿瘤细胞系上。当通过用肽脉冲的自体单核细胞衍生的树突细胞刺激外周血单核细胞的T细胞来分析免疫原性时，出国看病服务机构的结果清楚地表明，使用自体单核细胞衍生的树突细胞可以从患者或正常供者外周血单核细胞中扩增特定的T细胞群体。另外，这些特异性T细胞的群体可以识别并在再刺激时以脱粒反应。尽管如此，这些发现仍具有重要的治疗意义，并且在泊松检测质谱法检测到的新表位特异性T细胞可通过体外扩增而从血液中扩增出来的临床应用中刺激或通过疫苗接种对临床发展具有广阔的前景。在出国看病服务机构正在进行的临床试验中，出国看病服务机构将过继细胞疗法与肿瘤浸润淋巴细胞结合使用，并使用自体肿瘤裂解物脉冲单核树突细胞组成的肿瘤疫苗。以上结果促使出国看病服务机构考虑将临床试验扩展至包括自体肿瘤浸润淋巴细胞或富集了新表位特异性T细胞的外周血的过继细胞疗法，然后通过衍生自相同突变表位的树突细胞肿瘤疫苗加强这种新表位特异性反应。这种类型的方法最近已经从其他结果刺激，表明T细胞活化以下树突细胞肽，或基于RNA的肿瘤抗原的癌症患者给药。