脑胶质瘤被认为是最常见的成人恶性脑肿瘤，其5年总生存率低于35％。根据世界卫生组织的分级系统，神经胶质瘤的分类从1级到4级。胶质母细胞瘤被认为是4级是最具侵入性和侵略性的，死亡率最高，并且预后较差。因此，重要的是通过基于分子生物标志物的患者预后预测来改善治疗。长非编码RNA定义为不能翻译成蛋白质的200多个核苷酸长的转录物，它们具有多种功能，例如转录调控，核结构域的组织以及蛋白质或RNA分子的调控。lncRNAs都参与了发生和神经胶质瘤进展。HOX反义基因间RNAlncRNA是细胞周期进程的重要调节剂，可能是鉴定神经胶质瘤分子亚型的生物标记。此外，H19是神经胶质瘤干细胞中上调程度最高的lncRNA之一，可能会影响神经胶质瘤的发展。然而，胶质瘤的特异性lncRNA生物标志物与肿瘤组织学分级和预后密切相关，尚待确定。
　　 这项研究旨在确定lncRNAs可以作为神经胶质瘤的潜在预后生物标志物。首先，通过OS分析验证了较高的神经胶质瘤肿瘤组织学等级与预后不良之间的关系。接下来，在神经胶质瘤中鉴定了9级相关的lncRNA，并通过加权基因共表达网络分析进一步过滤了与肿瘤组织学分级较高和预后较差相关的4个lncRNA。然后通过基因本体论和《京都基因与基因组百科全书》富集验证了潜在的主要生物学功能，如嗜中性白细胞介导的免疫和细胞粘附连接。另外，通过肿瘤免疫估计资源分析了中性粒细胞浸润与神经胶质瘤预后之间的关系。
　　 截至2018年9月16日，已从TCGA下载了510个LGG和160个GBM组织样品的RNA‐HTSeq‐FPKMUQ数据以及相应的临床信息22261个RNA的数据涵盖了5679个lncRNA，其表达可在更多文献中获得。如GENCODE所述，样本数量超过80％。截至2018年10月9日，已从CGGA下载了325种神经胶质瘤组织样本的RNA-Seq数据以及相应的临床信息。排除了在20％以上的样本中无法检测到其表达的RNA。CGGA批次已通过svaR软件包删除。应用2R语言包来识别异常表达的lncRNA。标记lncRNAs共表达基因集是基于WGCNA建立的，并由Cytoscape提出。GO和KEGG富集由clusterProfilerR分析。中性粒细胞浸润物通过TIMER估计。基于对来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校基因组浏览器的1000个碱基的上游DNA序列的分析，鉴定出了lncRNA的转录因子。从ALGGENPROMO以零差异率筛选出TF。本研究中的所有关联均使用Pearson乘积矩相关系数进行了验证。将生存和survminerR软件包应用于生存分析，并显示ROC曲线以确认生存分类器。如前所述构建风险评估模型。
　　 TCGA和CGGA，较高的肿瘤组织学分级显示较差的预后。为了鉴定神经胶质瘤中与肿瘤组织学分级相关的lncRNA，通过DESeq分析了LGG和成纤维细胞母细胞瘤数据。2R包和与肿瘤组织学分级相关的138个lncRNA表现出异常表达。为了验证与等级相关的lncRNA，比较了LGGG2和G3lncRNA转录组分析数据。两种分析均异常表达了九种lncRNA。所有异常lncRNA均显示出较高的表达水平。合并了TCGALGG和GBMRNA-seq数据集，并通过WGCNA分析了与9种肿瘤组织学等级相关的lncRNA共同表达的基因。然后根据肿瘤组织学分级和患者预后的临床数据分析所有这些共表达的基因。黄色共识模块显示出与不良预后和较高的肿瘤等级的最显着相关性。然后进一步详细分析了黄色共有模块中的所有共表达基因，以显示模块成员与基因临床意义在预后较差和肿瘤分级更高方面的相关性。结果显示相对较强的相关性与预后较差和较高的组织学分级。提取了823个毫米和GS值均大于0.2的特征基因，表明有四个肿瘤组织学分级相关的lncRNA，分别为AC064875.2，HOTAIRM1，LINC00908和RP11-84A19.3。对于823个特征基因，GO分析表明嗜中性粒细胞介导的免疫，细胞底物粘附连接和细胞粘附分子结合显着丰富。KEGG通路分析显示，与癌症中的蛋白聚糖，粘着斑粘附，内质网中的蛋白质加工以及粘附连接有关。
　　 另外，通过TIMER分析了中性粒细胞的免疫估计。中性粒细胞的免疫浸润与肿瘤分级和预后呈正相关。发现四种标志物lncRNA的表达与中性粒细胞浸润水平之间的相关性较弱，尤其是对于HOTAIRM1和RP11-84A19.3。嗜中性粒细胞浸润可指示神经胶质瘤的预后和肿瘤等级，标志物lncRNAs可调节中性粒细胞浸润。为了验证四个标记lncRNA与患者预后之间的相关性，进行了生存分析。所有四个标志物lncRNAs均与预后显着相关，表明它们可作为神经胶质瘤的潜在预后生物标志物。通过鉴定每个标志物lncRNA的上游来预测参与调节标志物lncRNA表达的TF。另外，通过DESeq鉴定了LGG和GBM之间这些TFs表达的差异。2R所有TF结合位点及其与相应lncRNA的表达相关性如。总之，HOXD10和HOXD9作为LINC00908的增强子。结合蛋白B是RP11的增强子，而TCF-4E是其抑制子。LEF-1和p53用作HOTAIRM1的增强子。RXR-α和IRF-2分别是AC064875.2的抑制剂和增强剂。
　　 基础研究的进展增进了对神经胶质瘤发病机理的认识。临床上重要的遗传改变包括IDH编码，H3Lys27Met和RELA-fusion已与组织学检查相结合，并在2016年WHO修订的中枢神经系统肿瘤分类中进行了结合。然而，胶质瘤很少lncRNA生物标志物已经确定，这将有助于评估肿瘤病理分级，改善患者的预后。生物信息学方法已被用于揭示肿瘤发生的机制。DESeq2和WGCNA用于鉴定神经胶质瘤的lncRNA生物标志物。DESeq2方法用作表达图谱数据的差异分析，使用分散体和折叠变化的收缩率估算来提高其稳定性和可解释性。WGCNA算法代表了一种强大的生物学方法，可基于测试样品之间表达谱的相似性来检测共表达基因的网络。出国看病网研究人员确定AC064875.2，HOTAIRM1，LINC00908和RP11-84A19.3是神经胶质瘤的潜在生物标志物。HOX反义基因间RNA髓系1位于HOXA1和HOXA2基因之间，在髓系谱系的细胞中表达，并在髓系转录调控中发挥作用。但是，没有关于AC064875.2，LINC00908和RP11-84A19.3的详细报告。HOTAIRM1与中性粒细胞浸润和预后较差呈正相关。HOTAIRM1可能会调节中性粒细胞浸润，从而影响患者的预后。
　　 HomeoboxD10和D9属于Homeobox家族，被预测为LINC00908的增强子TF。HOXD10过表达与喉鳞状细胞癌的肿瘤分化和局部淋巴结转移呈正相关。HOXD9的过表达可以显着增强肝癌细胞的迁移，侵袭，转移和上皮-间质转化。此外，HOXD9可以作为人类神经胶质瘤癌症干细胞样细胞的新型细胞增殖和存活因子。这两个TF与相应的lncRNALINC00908可能在神经胶质瘤中起特殊作用。LEF-1是输卵管上皮内病变的可靠标记。此外，LEF-1维持GBM细胞的增殖，迁移和GBM类干细胞的自我更新。P53是神经胶质瘤中经过充分研究的肿瘤抑制因子。因此，这两个TF与相应的lncRNAHOTAIRM1可能与神经胶质瘤有关。具有四个标志物lncRNA的共有基因模块的生物学功能主要在嗜中性粒细胞免疫，细胞粘附连接和蛋白聚糖中丰富。在肿瘤组织中，嗜中性粒细胞呈不同的极化状态：IFN-B诱导的N1抗肿瘤表型和转化生长因子-B和粒细胞集落刺激因子诱导的N2肿瘤前表型。这些lncRNAs可能起刺激N2中性粒细胞浸润的启动子的作用。当前，用于辅助治疗GBM的常规化学疗法药物，例如替莫唑胺和地塞米松，可能是影响正常组织和癌组织中蛋白聚糖的双面武器。因此，可以进一步分析这些lncRNA作为新药物靶标的可行性。总之，出国看病网研究人员的研究表明中性粒细胞免疫浸润与较高的肿瘤级别和神经胶质瘤的预后较差有关。