癌症诊断中的基因检测正迅速成为为患者提供精确治疗的诊所的常规实践。可用基因测试的指数增长密切关注分子技术的同步进步，现在可以从宿主野生型脱氧核糖核酸的高背景中检测非常罕见的突变肿瘤脱氧核糖核酸分子。然而许多最近采用的技术，如新一代测序需要高质量的模板，特别是在仅存在少量突变的情况下。当假阴性测试可能对患者产生严重影响时，高质量的变得尤为重要。随着患者护理转向越来越个性化的诊断，获得高质量用于后续分析的重要性也随之而来。此外，随着诊断测试的不断发展，需要精确定量肿瘤水平，即绘制患者间比较或监测肿瘤脱氧核糖核酸水平以评估体内肿瘤负荷或对治疗的反应，需要从中获得优质生物标本更加明显。存在许多从肿瘤材料中分离脱氧核糖核酸的方法。这些包括经典的液体有机溶剂程序，如苯酚氯仿萃取，使用固相二氧化硅或阴离子交换柱纯化的商业试剂盒，磁珠纯化和高盐沉淀。每种方法都有其自身的优点和缺点，所用的提取方法的选择将影响所收集的产率，纯度和完整性。此外每种技术在处理样品的容易性，时间和成本方面都有所不同。在决定用于提取的方法时必须考虑这些变量，但决定通常取决于从中提取脱氧核糖核酸的样品类型。例如与血液，唾液或尿液相比，从活组织检查组织中提取的的数量和质量会有所不同。类似地，组织的组成也将直接影响脱氧核糖核酸分离，因为来自高脂质含量组织的某些提取方法导致低产量。处理和储存程序将影响提取方法的选择和诸如需要处理的样品数量因素，并且还必须考虑要进行的下游测试的类型。这些决定可能会导致脱氧核糖核酸质量的妥协以换取高通量技术，但一般而言，研究和病理学实验室应该实施能够提供最高质量的技术，以最大化下游基因检测的灵敏度和准确性。
　　 对于脑膜瘤最常见的脑肿瘤，没有标准化的脱氧核糖核酸提取方法。此外在脑膜瘤基因组研究中很少报告足够的脱氧核糖核酸质量保证，因此难以评估应采用哪种目前使用的方法。鉴于与脑膜瘤肿瘤行为，肿瘤复发和恶性转化相关的突变现在是当前药物试验的目标，这是一个特别关注的问题。本研究比较了内部优化的苯酚氯仿提取方法与两种市售二氧化硅柱提取试剂盒的性能，对于每种方法评估分离的样品的质量，产量和纯度，并测试每种样品作为模板在下游测定中的性能。在大多数质量评估测量中，优化的苯酚氯仿提取方法优于基于柱的试剂盒。每种方法的产量相似，但与基于柱的试剂盒相比，苯酚氯仿提取的具有更高的纯度和更高分子量的种类。重要的是在提取组之间的数据结果中观察到许多差异，并且对于许多情况，使用硅胶柱衍生的作为模板导致和基因组参考区域的假阳性和假阴性等位基因改变错误，使用苯酚氯仿提取分离的似乎不会发生这种情况。本研究概述了一种高度可靠的提取方法，用于从脑膜瘤中获得高质量的，并强调在使用进行下游遗传分析时进行广泛质量保证的重要性。此外，本报告强调了在使用商业硅胶柱基提取试剂盒时确定脑膜瘤组织中拷贝数变化的潜在问题。
　　 实际上这可能导致本研究中收集的基于柱基试剂盒的样品的不规则数据。研究人员没有想到组之间存在如此多的差异以及试剂盒衍生的脱氧核糖核酸样品中存在的等位基因拷贝数错误的严重性。删除和许多进行此测试的诊所使用用于处理组织的试剂盒。此外虽然本报告未使用替代方法确认数据，但提取组之间数据的这些差异表明应使用多种技术来建立正确的状态诊断，尤其是在使用除了苯酚氯仿。这里报告的结果与以前的研究一致，这些研究建议使用优化的基于实验室的方法从新鲜冷冻脑组织中提取脱氧核糖核酸，使用商业试剂盒的成功率降低。这可能是由于癌性脑组织的性质，脂质含量高可能以坏死为特征。对于其他组织和样品类型，二氧化硅柱套件可以提供改进的结果。此外根据使用分离的脱氧核糖核酸进行何种分析，从脑膜瘤中提取的试剂盒可能足以满足某些应用。基于二氧化硅柱的试剂盒安全，快速，但难以操作相反苯酚氯仿提取方法可以容易地操作，但整个制备需要更长时间并且需要使用有毒物质。然而它们仍然是去除污染物的最佳方法，例如但不限于脂质这可能会抑制下游应用。最终应该选择哪种方法从脑膜瘤中提取脱氧核糖核酸，应由个体实验室决定。