尽管胆管细胞表达许多通常与APC功能相关的分子，但没有证据支持它们激活T细胞的前景。然而，显示胆管细胞表达MHC I和II，CD40，CD80和CD86分子，并分泌促进T细胞与上皮细胞粘附的CXCL16。
　　 KCs是肝脏的常驻巨噬细胞。它们是一种独特的细胞类型，通常具有抗放射性，即使在胶原酶消化后也难以从组织中分离。KCs在生理条件下诱导免疫耐受。例如，它们在代谢应激下分泌免疫抑制前列腺素E2（PGE2），并在用脂多糖（LPS）刺激时分泌白细胞介素-10（IL-10）。它们还表达MHC I类和II类，以及低密度的共刺激分子。持续暴露于内毒素（LPS）限制了KCs激活T细胞的能力，KCs释放的PGE2消除了CD4 + T细胞激活。然而，响应于活性氧物质，KCs产生MHC II类分子并充当APC。因此，肝癌晚期枯否能够从诱导耐受性的APC切换它们的免疫学作用，免疫原性的APC和从灭活当暴露于某些细菌，如NK细胞的活化剂布氏疏螺旋体。
　　 肝脏含有多个DC群，包括浆细胞样（pDC），髓样（mDC）和淋巴样（CD8α +）DC。pDC和mDC都是弱APC，因为它们是未成熟细胞，而CD8α + DC是强大的APC。mDC的特征在于它们表达CD11b和CD11c并且缺乏CD8α和B220表达。另一方面，小鼠肝脏pDC是B220 +并且表达CD11c的水平低于mDC，而人pDC缺乏CD11c但表达血液DC抗原-2（BDCA-2）。肝脏mDC与皮肤来源的mDC的比较显示，肝细胞分泌更多的白细胞介素IL-10和IL-4，而皮肤DC则是干扰素-γ（IFN-γ）和IL-4的有效刺激物。此外，发现肝脏mDC在刺激T细胞增殖方面效果较差，这表明肝脏mDC使T细胞易于耐受。尽管pDC不能有效刺激T细胞活化，但生长因子和Toll样受体（TLR）信号可以诱导这些细胞成熟为APC并刺激T细胞。
　　 LSEC占几乎一半的非实质细胞，通过MHC I和II的表达以及共刺激分子CD40，CD80和CD86诱导免疫耐受。它们能够通过乙酰化低密度脂蛋白和甘露糖化蛋白受体的表达消除循环中的病毒，胶体和大分子废物。LSEC通过MHC向T细胞呈递抗原导致特异性分子的上调，如程序性死亡配体1（PDL-1），其与其同源受体PD-1结合，引起T细胞耐受。然而，暴露于内毒素会降低LSECs激活抗原特异性CD4 + T细胞的能力。此外，KCs分泌的IL-10可以增强LSEC的抗原呈递能力。
　　 HSC，也称为Ito细胞，位于Dissé空间，调节通过血窦的血流。在小鼠肝脏中，HSC表达CD1d，低水平的CD11c和MHC II类分子，但不表达MHC I类。然而，确实存在少量CD11c高细胞，它们在α-半乳糖神经酰胺存在下激活NKT细胞和T细胞。来自该研究的额外数据显示HSC向CD8 +和CD4 + T细胞呈递抗原肽并介导CD8 +细胞的交叉引发。此外，据报道大鼠HSC刺激抗原特异性CD8 +反应虽然人类HSC诱导的CD8 + T细胞增殖非常少。需要进一步的研究来确定HSC作为APC的功能。
　　 癌变是一个多阶段过程，似乎涉及将正常分化或干细胞样细胞转变为发展成恶性肿瘤的癌前病变。大多数基因突变是躯体性的，并且是偶发事件; 一些癌症可能来自表观遗传变化，如DNA甲基化和组蛋白修饰。肿瘤微环境是T细胞，B细胞，巨噬细胞和肝细胞的复杂相互作用，导致多个细胞信号级联的激活。越来越多的证据表明，肿瘤坏死性肝细胞的遗传变化和突变的逐渐增加导致细胞转化，导致HCC的发展 。在肿瘤微环境的免疫细胞的相互作用也起到在癌症发展中起关键作用，和瘤内T细胞和B细胞的存在，称为肿瘤浸润淋巴细胞（TIL的），相关联以改善临床结果。HCC中的TIL包括CD3 +，CD4 +和CD8 + T细胞亚群。CD8 +的存在肿瘤中的T细胞与更好的结果相关，而调节性T细胞（Tregs）的存在与预后不良有关。尽管T细胞的抗肿瘤作用似乎在HCC中受损，但这种现象的潜在机制尚不清楚。体外和体内研究均显示Tregs参与T淋巴细胞抗肿瘤作用的恶化。在HCC中，TILs与许多肿瘤相关抗原（TAAs）相互作用，如磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3（GPC3），甲胎蛋白（AFP），端粒酶逆转录酶（TERT），滑膜肉瘤X断裂点2（SSX-2） ，黑色素瘤抗原基因-A（MAGE-A）和纽约食管鳞状细胞癌1（NY-ESO-1）。在肿瘤微环境中，肿瘤相关巨噬细胞（TAM）被各种细胞因子（IL-4，IL-10和转化生长因子β（TGF-β））“极化”成M2单核吞噬细胞样细胞。这些M2样TAM反过来表达细胞因子（IL-10和TGF-β），趋化因子（CCL17，CCL22和CCL24），血管内皮生长因子（VEGF）和表皮生长因子（EGF）以募集Tregs和促进血管生成。KCs是肝脏特异性TAM，并且能够通过PD-L1 损害CD8 +细胞毒性T淋巴细胞（CTL）介导的免疫应答，PD-L1与程序性死亡1（PD-1）（CD8 + T细胞的细胞表面蛋白）相互作用。此外，当用促炎细胞因子（IL-1β，TNF-α和PDGF）刺激时，KCs和HSCs产生骨桥蛋白，骨桥蛋白在各种细胞信号传导途径中起关键作用，促进炎症，肿瘤进展和转移。胆管细胞中的类似转变也显示出CCA的发展。
　　 先天免疫系统通过识别各种病原体表面上的保守结构基序（称为病原体相关分子模式（PAMP））提供了限制肝脏感染的第一道防线。TLRs是这一过程中的关键参与者，也可识别垂死宿主细胞上与损伤相关的分子模式（DAMPs）。虽然肝细胞以低水平表达所有TLR，但它们仅响应TLR2和TLR4配体。然而，在炎症条件下，肝细胞对TLR2配体的反应显着增强，但有趣的是不能对抗TLR4配体。LSECs表达TLR 1-9的mRNA，并通过产生TNF-α，IL-6和IFN-β对各种TLR配体作出反应。枯否表达所有的TLR和通过产生TNF-α和IL-6 [各种TLR配体的应答。响应TLR2和TLR4而激活的KCs产生免疫抑制性IL-10，并且反过来能够抑制IL-18依赖性NK细胞活化。当用TLR1,2,4和6的配体刺激时，KCs也产生IFN-γ并促进T细胞的增殖。响应于TLR3和TLR4配体，它们分泌IFN-β，并且针对TLR1和TLR8的配体显示出高水平的MHC II类表达。HSC表达低水平的TLR4和TLR9，但TLR4的激活已被证明可诱导TLR2的表达。在人类HSC中，TLR4活化导致CCL2，CCL3和CCL4的产生，并且它们的TGF-β表达参与促进肝纤维化。DAMP对TLR9的激活诱导了HSCs的分化并增加了胶原蛋白的产生。必须并且可以利用先天免疫机制的潜力来靶向感染，例如引起HCC的HBV和HCV。