HCC是一种异质性肿瘤，具有不同的粗略和微观外观。来自首尔的一项研究表明，无论肿瘤大小如何，总体特征也是总体和无病生存的独立预测因子。他们根据总体外观将242例HCC切除标本分为模糊结节，扩大结节，多结节汇合，结节周围结节和浸润型。浸润型预后较差，而结节性和结节性扩大的预后较差。在小肝癌和HCC>10厘米，并与RFA[治疗的患者]，验证大体形态是预后的重要预测指标。HCC的四种主要生长模式是小梁（70％），固体（20％），假腺体（10％）和大黄斑（1％）。在这些中，macrotrabecular图案最近已显示出具有显著临床相关性。基于形态学偏析到组织学亚型如成纤维层状癌，淋巴样癌，脂肪性肝炎HCC，组合hepatocholangiocarcinoma，和组织学亚型与干细胞标记物具有独立的预后重要性。其他如透明细胞HCC已证明更小，更好的分化与血管浸润，而肉瘤样HCC是低分化亚型。最近的几项研究也强调与这些表型和亚型相关联的独特的临床，生物和分子特征，与可信的预后意义。
　　 在研究人员最近的一项研究中，Macrotrabecular-massive是一种新描述的HCC亚型，在237例HCC手术样本和284例HCC肝脏活组织检查的12％中发现。作者通过存在主要（>50％）宏观小梁结构（超过6个细胞厚度）来定义该实体。这种表型与不良预后因素如肿瘤大小，α-Feto蛋白（AFP）水平，卫星结节和血管侵犯有关，并被发现是早期和整体复发的独立预测因子。研究人员在他们的425例切除的HCC病例中，26.6％的患者注意到了巨大的血管结构。与紧凑型架构相比，它们的总体生存率更低。来自表型的预后信息再次强调了活组织检查增加其重要性的潜在益处。
　　合并的肝细胞-胆管癌（CHCC-CC），代表了0.4％肝癌晚期的-14.2％与预后较差有关[侵袭性肿瘤]。组织病理学评估对于诊断至关重要，因为该实体缺乏典型的成像特征，因此经常被放射学误诊。cHCC-CC最早由Allen和Lisa在1949年描述由Goodman于1985年更新。2010年，世界卫生组织将其分类为具有干细胞特征的经典亚型和亚型。在一项对62例cHCC-CC患者的研究中，干细胞亚型（WHO标准）在所有患者中均有不同的数量和组合，典型亚型为16％，中间细胞类型为83.9％，胆管细胞型（CLC）占71％。cHCC-CC已在一项研究中显示，其1年和3年生存率分别为81.9％和47％，这表明预后比CC更好，但与HCC相比更差。类似地，另一项研究发现53％，26％和12％的1,3和5年生存率分别支撑它们的生物学行为HCC和CC。通过手术前的活检评估了解混合肿瘤，可指导包括淋巴结清扫在内的切除类型。最近，已发表了肝细胞和胆管细胞分化的肝癌晚期的共识术语，强调干细胞表型和特征可以在联合HCC-CC中共存，并应在描述性报告中报道。不需要对干细胞进行亚分类。描述了两种其他类型的肝癌晚期--CLC和中间细胞癌的存在，其可以与HCC，肝内胆管癌或cHCC-CC共存。虽然HCC和CC的最低临界值有资格诊断cHCC-CC尚不确定,但符合CLC资格的公认标准是包含CLC肿瘤的80％以上。这种表型非常重要，具有预后意义。CLC表现出ABC转运蛋白的表达增加，并且与更差的预后，化学抗性和攻击行为有关。对涉及1344名患者的12篇文章的Meta分析显示，癌症干细胞（CSCs）的存在与较差的组织学分级显着相关。HCC表达干细胞标记物的角蛋白19（K19），也被称为HCC与“干细胞特征”或“祖功能”显示在肿瘤细胞中。这种特殊的肿瘤亚型基因表达谱具有卵圆细胞和胎儿成肝细胞。临床结果不良，术后生存率较差。
　　基于病理学的HCC与慢性肝病中发现的其他结节性病变的区别，如大型再生结节，低级别异型增生结节（LGDN）和高级别发育不良结节（HGDN）已成为活检最重要的成就和适应症之一，具有重要意义鉴于监测计划和早期发现HCC。对于1.0cm或更大的结节，通常建议进行活检，以便在早期HCC和DN之间进行鉴别诊断。免疫组织化学在这种诊断困境中提供了至关重要的支持。磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3，热休克蛋白70和谷氨酰胺合成酶被用作单个小组,用于描绘来自其他可疑结节的HCC。LGDN和大型再生结节（LRN）对于该组是负面的。在一项研究中，所有的阴性表型注意到在LRNs的100％，LGDNs的100％，HGDNs的72.7％和HCC早期。研究表明，如果这三种染色中的两种是阳性，检测HCC的敏感性和特异性分别为60％-70％和100％。据报道，该小组添加了网格蛋白重链，将小型HCC的诊断准确率提高到84.3％。肝细胞石蜡1，精氨酸酶1，多克隆CEA，CD10和其他一些组织标记物经常用于确认诊断，HCC从转移癌的分化，鉴定低分化和坏死肿瘤中的HCC以及基于方案组织的诊断确认登记在第三阶段的新颖的药物。