DNA甲基化是一种重要的表观遗传现象，甲基化位点全球分布在约80％的CpGs岛上，60％的人类基因中启动子区的5'-末端含有CpG岛，其甲基化起作用。调节基因表达的重要作用。DNA甲基化变化广泛存在于肿瘤和播放在肿瘤进展中起重要作用，其特征通常在于范围广泛的基因组的低甲基化和甲基化的。异常甲基化发生在细胞癌变之前和恶变过程的各个阶段，具有组织特异性和长期稳定性的特征;因此，异常的基因甲基化的检测可作为肿瘤，例如肺癌和乳腺癌[早期诊断潜在的有力的方法]。最常用的检测方法得到改善，甲基化特异性PCR方法，这是相对快速和容易地进行，并且它显示出高的灵敏度和精度，以满足甲基化的研究和应用临床需要。
　　 从基因突变不同，许多研究已经显示，大多数的甲基化基因的可在HCC患者的循环系统进行检测，并且cfDNA甲基化谱显示出与肿瘤组织中甲基化谱良好的一致性。检测28例HCC患者APC，FHIT，p15，p16和E-cadherin基因的甲基化状态，发现外周血中这5个基因的甲基化率与肿瘤组织甲基化率呈显着正相关。并能很好地反映肿瘤组织中异常基因的甲基化状态。
　　 外围的DNA甲基化检测在诊断，预后和功效HCC的评价巨大的潜在应用，但最关于点是它的诊断价值。的Ras相关结构域家族蛋白1A（RASSF1A）是一种肿瘤抑制基因，并经常通过特异性启动子甲基化。表明，在93％的HCC患者和58％的HBV携带者血清中可检测到RASSF1A基因高甲基化，而只有8％的健康人有RASSF1A基因高甲基化。更重要的是，相关性分析进一步确定血清中较高浓度的甲基化片段预测HCC患者的无复发存活时间较短。甲基化细胞周期蛋白D2基因血清反应阳性的HCC患者（>70pg/mL血清）也显示出比甲基化细胞周期蛋白D2基因血清反应阴性的患者明显更短的DFS期。
　　鉴于单基因甲基化在HCC诊断中的价值有限，联合检测多基因甲基化状态是提高诊断效率的有效方法。联合甲基化检测APC，RASSF1A，GSTP1和SFRP1对HCC患者外周血的敏感性和特异性分别为92.7％和81.9％。因此，为了提高HCC早期诊断的敏感性，寻找更多与HCC进展相关的甲基化相关基因在HCC诊断中具有很大的效力。
　　 到目前为止，在肝癌晚期患者中发现了cfDNA的多种改变。在未来，随着数字PCR和基因测序技术的快速发展，研究人员相信肝癌晚期患者的cfDNA变异的临床检测将变得可实现。更重要的是，这些技术也为发现额外的cfDNA标记提供了有效的方法。
　　 与HCC一样，虽然没有明确的miRNA表达谱，但研究证实，几种循环miRNA与HCC的进展密切相关，主要包括miR-122，miR-200a，miR-21，miR-223，let-7f，和miR-155。
　　 这些循环miRNA显示出对HCC临床诊断的巨大潜力。研究人员最初评估了10例HCC患者血清中miRNA的表达，并证明miR-500是一种癌胚miRNA，在HCC患者血清中大量表达，并在手术治疗后恢复正常。研究人员进一步确定循环miR-143和miR-215均对人HCC具有良好的诊断效率;miR-143的敏感性和特异性分别为78％和64％，miR-215的敏感性和特异性分别为78％和89％。鉴于单个循环miRNA对HCC的诊断价值有限，一些研究人员将循环miRNA与AFP结合起来诊断HCC。单次miR-21诊断的敏感性和特异性分别为60％和83％，ROC曲线下95％置信区间的面积为0.69-0.86。然而，当与AFP结合时，灵敏度为81％，特异性为77％，ROC曲线下95％置信区间的面积为0.74-0.90，显着高于传统标记AFP（0.54-0.82），且诊断效率大大提高。HCC的早期诊断在临床上是可取的，因为如果肝癌晚期患者早期接受治疗，HCC的预后会显着改善。虽然循环miRNA可用作各种类型癌症的预后生物标志物，包括结肠直肠癌和血液癌，但研究证实，血清高水平的miR-221表达与HCC的肿瘤大小，肝硬化和肿瘤分期有关。循环miRNA在HCC中的预后价值仍然较少报道，这可能是由于HCC的5年总生存率仍然仅为0％-10％。
　　 目前，循环miRNA的检测主要基于定量PCR（qPCR）;然而，在转化为临床应用之前，仍需要进一步的步骤来标准化和验证用于通过qPCR测量循环miRNA的技术过程。与qPCR相比，数字PCR（dPCR）具有许多优点，其在没有标准曲线的情况下获得miRNA的绝对表达水平，并且不受样品引起的变异和PCR扩增效率的影响。在肺癌的诊断，通过数字PCR检测血浆miRNA的可能量化低丰度的miRNA的高再现性，并已显示出在从无癌症的受试者[区分肺癌患者高灵敏度和特异性]。dPCR在HCC诊断中的应用仍然较少报道，但它为进一步开发作为诊断或预后生物标志物的循环miRNA提供了有力保证。
　　 许多遗传和表观遗传改变有助于肿瘤发生和癌症进展，并且癌症的进展的特征在于高异质性。肿瘤获得新的突变，使其对针对特定基因突变的疗法具有抗性。因此，为了改善包括HCC在内的恶性肿瘤的临床结果，全面的监测系统包括早期和准确的诊断，并且动态肿瘤监测是必要的。在这方面，液体活组织检查可以捕获肿瘤的整个异质性。更有甚者，肿瘤基因型众所周知地不稳定，在选择压力下容易发生变化;因此，液体活组织检查与肿瘤患者的临床风险和成本相比，组织活检显示出巨大的优势，
　　 在液体活检方面，CTC的研究最多，因为它们提供了遗传和细胞水平的肿瘤进展信息，而CTC相对稀少，需要敏感的收集和富集技术。cfNAs正在成为CTC的有效替代品，具有更易于收集和分析的优势。随着数字PCR和第三代测序技术的扩展应用，基于cfNAs的液体活检检测在肿瘤的早期诊断和预后评估中具有很大的潜力。cfNA中包含的个性化信息可以使医生做出更系统，更准确的医疗决策。
　　然而，在过去几年中,研究中CTC和cfNAs的实验设计和检测方法差异很大，样本量相对较小，导致研究中实验数据的稳定性和可比性较低。检测方法的标准化将是确保临床应用一致性的关键因素。随着血液收集和处理和存储的标准化以及DNA提取和量化以及数据的分析和报告，液体活检中存在的CTC和cfNA可以作为HCC的治疗监测，预后评估和风险评估中的有希望的检测生物标志物。