现在，许多研究人员试图检测患者的CTC与肝癌和使用各种方法，其中基于EpCAM的的方法仍然是最广泛使用的[描述其相关临床结果。EpCAMmRNA+CTC在HCC患者与其他患者（健康志愿者，乙型肝炎或肝硬化患者以及良性肿瘤患者）之间的区别曲线下面积（AUC）为0.697，敏感性为42.6％，特异性为96.7％。特别是当与AFP水平相结合时，CTC的诊断价值显着提高，AUC为0.857，敏感性为73.0％，特异性为93.4％。除了EpCAM，研究人员最初开展了基于适体的“CTC芯片”，以捕获HCC患者的CTC，捕获率令人满意（~61％）。关于其他方法，研究人员首次采用2004年上皮肿瘤细胞分离法（ISET）检测44例HCC患者的CTCs，探讨其临床诊断价值。该研究表明，在52％（23/44）的HCC患者中检测到CTC和循环肿瘤微栓子（CTM），而在健康志愿者中，未检测到慢性活动性肝炎或肝硬化患者。
　　此外，的CTC和CTM的数量也与肿瘤浸润，门静脉血栓形成，和Child-Pugh分级类级B/C水平相关和预测的HCC患者的预后不良。EpCAMmRNA+CTC是HCC患者复发时间（TTR）的唯一独立预后因素。术前可检测到的EpCAMmRNA+CTC患者的TTR明显较短（中位数，10.9个月与未达到），复发率较高（59.6％对25.7％），而没有可检测到的EpCAMmRNA+CTC。CTC和CTM的存在和数量都与较短的存活率显着相关。因此，为了系统地验证HCC患者CTC检测的预后价值，研究人员对23项已发表的研究进行了荟萃分析。结果显示，CTC的阳性与无复发生存期（RFS）和总生存期（OS）以及肿瘤进展的特征（包括TNM分期，血管侵犯和HCC患者的肿瘤部位）显着相关。然而，仍然需要进行大规模的多中心试验来证实CTC检测有助于HCC患者未来临床管理的主张。循环无细胞核酸（cfNAs）在肝癌晚期患者的外周血包括DNA，mRNA和miRNA的。cfNAs在人类外周血中的最早报道是在1948年;然而，cfNAs没有得到重视，直到1994年，约50年后，当研究确定了cfNAs能够反映肝癌晚期患者的RAS基因突变，从而作为一种肿瘤标志物。正常细胞可以在生理状态下主动分泌核酸到外周血，cfDNA在正常人外周血的存在下平均浓度为30ng/mL（0-100ng/mL）。cfDNA的外周血中含量相当于5000种的基因组，作为基因组DNA含量为约6.6微克;因此，外周血就像是一个含有大量遗传信息的“液体活检样本库”。在肿瘤微环境的正常肿瘤细胞和凋亡和坏死的肿瘤细胞被认为是肿瘤相关cfDNA的癌症患者。细胞凋亡和坏死的肿瘤细胞通常被巨噬细胞或其他清除细胞吞噬，这些清除细胞可以将消化的DNA释放到循环系统中。与健康受试者相比，HCC患者含有大量肿瘤相关的cfDNA，这些cfDNA不受肿瘤大小的影响，仅与恶性程度相关，循环DNA的数量与3-呈负相关。年HCC患者的DFS和OS。cfDNA主要由肝，脾，肾和，其半衰期为只是4分钟至数小时。因此，肿瘤相关cfDNA的动态水平反映了肿瘤基因组的分子特征，其包括突变的平均状态，拷贝数变异，甲基化异常，微卫星不稳定性，和杂合性丢失，在肝癌晚期患者。对这些变化的定性和定量分析将有助于评估肿瘤的生物学特征。检测外周血中的特定基因突变是首先试图探索cfDNA作为一种肿瘤标志物的效力的领域。现在，研究已经证实，KARAS，EFGR，TP53和APC是在患有实体瘤[外周血常见的肿瘤特异性突变]。肿瘤抑制基因突变TP53经常发生在HCC患者;生活在黄曲霉毒素暴露区域的50％HCC患者具有肿瘤抑制基因P53（R249S）点突变，这意味着AGG在249位点的氨基酸变为AGT。更重要的是，即使在HCC的早期阶段，也可以在cfDNA中检测到TP53的点突变，这是在患者的循环系统中可以检测到的唯一基因突变，并且在正常人群中没有观察到。此外，循环DNA中rs894151的AG/GG或rs12438080的AC/CC患者与肝移植后HBV相关的HCC患者的OS和TTR降低显着相关，DNA拷贝数变异（CNV）在人类基因组中非常常见，并影响超过10％的基因组序列。此外，在肿瘤患者中，CNV的是具有一个相对稳定的和宽覆盖范围，因此可以用来识别癌症易感性基因座[常见的基因组变化]。在HCC常用扩增区域是在1Q，8Q，7Q，17q上，和20Q，和公共缺失区域是在4Q，8P，13Q，16Q，和17P，如CHD1L（1q21的）和DLC1（8p22）。通过大规模平行测序证实4例肝细胞癌患者外周血中存在典型DNACNV，并且在手术治疗后几乎全部消失。此外，癌基因或抑癌基因通常存在于含有CNV的这些区域中，这意味着在这些区域中的CNV检测在HCC的早期诊断中具有很大的效力。
　　 除cfDNA外，外周血中存在一定水平的循环miRNA。miRNA是一类高度保守的非编码单链内源性小分子RNA，通常为20-25nt。它们参与哺乳动物细胞的多种生物活性，包括干细胞自我更新，细胞发育，分化，增殖和凋亡。在外周血中，内源性成熟miRNA主要以颗粒形式存在，通过与蛋白质或脂蛋白结合，增加其稳定性，因此可以承受室温，反复冻融，酸碱环境，DNA或RNA酶处理，以及其它复杂的环境因素。在不同的癌症类型中的miRNA表达谱具有明显的组织特异性和表达水平和显著与肿瘤分级，诊断和疾病进展相关。因此，癌症患者外周血中循环miRNA的存在提高了循环miRNA可作为一种新型诊断或预后标志物的可能性。