PEI的功效受到肿瘤结节中隔膜存在的限制，这阻止了乙醇的均匀扩散并且需要重复治疗。此外，不能消融囊入侵，因为乙醇不能溶解纤维囊。经皮醋酸注射（PAI）已被用作替代方案。乙酸具有比乙醇更强的坏死能力，因为它可以溶解脂质并提取胶原蛋白。其低pH值诱导纤维膨胀并促进分子间胶原交联的解离。一项对60例HCC小于3cm的患者进行的一项随机对照试验显示，接受PAI治疗的患者的生存率明显优于PEI治疗组（2年生存率，92％对63％）。PAI组的局部复发率也显着低于PEI组（2年局部复发率，10％对44％）。在该研究中，两种形式的主要治疗相关并发症很少见。但是，没有其他数据可用于确认PAI优于PEI的优势。
　　 自20世纪80年代以来，冷冻疗法一直用于治疗肝脏肿瘤，最初的经验主要是转移性恶性肿瘤患者。快速冷冻到零度以下的温度导致形成冰在从细胞外空间以及取水，使由正常细胞结构的脱水和破坏细胞损伤。手术通常在手术过程中进行，将液氮或液氩冷却的冷冻探针插入肿瘤块。术中超声为冷冻探针在肝脏肿块中的放置提供了指导，它还提供了一种监测冷冻区生长的方法，以确保足够的边缘。不断增长的冰球可被视为扩张的高回声病变，肿瘤周围至少1cm的肝组织边缘应被冷冻以确保竞争性肿瘤消融。通过超声波精确监测消融过程的能力是冷冻疗法优于其他目前可用的局部消融疗法的优势。虽然肝肿瘤的冷冻治疗通常通过剖腹手术进行，但也有报道经皮或腹腔镜冷冻治疗。后一种方法可能需要转换为开放手术以控制表面薄壁组织裂缝引起的出血。冷冻治疗是最有效的肿瘤小于5cm，虽然较大的肿瘤可以通过同时插入多个探针进行治疗。一种冷冻治疗的理论上的局限性是在邻近血管流动的血液的“散热器”的效果，其可以降低对邻接的主要容器肿瘤冷冻效果。然而，在动物研究中已经表明，通过冷冻消融可以在不损伤血管壁的情况下实现血管周围组织的完全坏死。
　　 一些研究发现，即使对于大型HCC（>5cm），也可通过冷冻疗法有效消融不可切除的肝癌晚期。冷冻疗法的主要问题是其相关的并发症。报道的肝癌晚期冷冻消融系列并发症发生率为8％-41％，死亡率为0％-17％。冷冻消融的具体并发症包括肝实质开裂出血，结肠附近结构冻伤，肝内脓肿和胆管损伤，导致胆汁瘤或胆瘘形成。已经描述了血液细胞减少症，弥散性血管内凝血，成人呼吸窘迫综合征和肝脏冷冻疗法后的急性肾衰竭综合征，称为“冷冻现象”;在消融大肿瘤后最常见到这种情况。尽管这种现象的确切原因尚不确定，它可能与细胞因子如IL-6和肿瘤坏死因子-α后大体积冷冻或冷冻和解冻的重复循环的释放。的2173例患者在全球72个中心接受了肝脏肿瘤冷冻治疗的一项调查显示肝冷冻治疗后1.5％的死亡率。仅有1％患者发生冷冻切塞现象，但与28％的死亡风险相关。作者没有说明患者的肝脏肿瘤类型，因此这些数字不能直接外推给肝癌晚期患者。
　　 关于HCC冷冻治疗后的生存结果仅有有限的数据，主要来自8至12名随访时间较短的小系列患者。报道HCC冷冻消融术后2年生存率为30％-60％。中国组报道了最大的HCC冷冻疗法系列，其中191例患者的5年生存率为37.9％，56例肿瘤小于5的患者的5年生存率为53.1％5厘米。这些存活结果似乎与肝切除后相当。到目前为止，还没有研究直接比较HCC的冷冻消融和肝切除的结果。除了生存结果外，局部复发率是评估任何局部消融治疗时要考虑的另一个重要结果。在中位随访15个月后，通过冷冻消融治疗的88例原发性或转移性肝肿瘤中有12例（13.6％）局部复发。有趣的是，在12个局部复发中的8个中，原始肿瘤位于主要肝内血管上或附近。发现38例原发性或转移性肝脏恶性肿瘤患者在中位随访28个月后经冷冻消融术治疗或未联合切除治疗时，局部复发率为12％。这两项研究包括分析中的HCC和转移性肝肿瘤。观察到冷冻消融术后局部复发发生率高于HCC：25例结直肠癌转移患者局部复发率为44％，平均随访16个月后9例HCC患者局部复发率为0％。总体而言，目前的数据表明冷冻疗法对于不能切除的肝癌晚期是一种有效的局部消融治疗，尽管它与较高的并发症发生率相关。研究人员还报告了在先前的肝切除术后使用冷冻疗法消融复发性HCC的令人满意的初步结果。微波凝固疗法（MCT）是一种热消融治疗，其中组织坏死是由插入肿瘤的针电极发出的频率为2,450±50MHz的微波的加热效应引起的。微波主要作用于组织的含水成分，产生介电热和组织凝固。蛋白质凝固造成的不可逆细胞损伤发生在50°C以上。与PEI相比，MCT创造了一个更可预测和可重复的组织坏死区域，它可以消融肿瘤囊以及周围的囊外侵犯。可以通过使用CT扫描，MRI或彩色多普勒超声检查坏死程度。
　　 腹腔镜MCT特别适用于可视化的浅表肿瘤，可用于长达5厘米的肿瘤。报道腹腔镜MCT治疗26例HCC肿瘤1.5-4.5cm后完全消融率为87.5％。与腹腔镜MCT相比，开腹手术通过开腹手术提供了自由的机动性和潜在的优越的激进性。的开放式的方法可以是用于肿瘤超过5厘米和肿瘤其位置是不利的经皮或腹腔镜消融更大是有用的。但是，MCT不建议用于肝门附近的病变，因为该过程可能会损伤肺门结构。对于大肿瘤，可能需要多针电极插入以完成肿瘤消融。术MCT也已用于结合切除烧蚀较小的肿瘤结节。在肝硬化患者中，MCT似乎耐受性良好。一些针对HCC的MCT系列报告没有严重并发症，而其他报告的并发症发生率为11％至14％。MCT对肝脏肿瘤后并发症包括气胸，肝脓肿，胆汁瘤，门静脉血栓形成，包膜下血肿，腹内出血，癌症细胞扩散进入腹膜腔。一项研究发现，对于大于4cm的HCC，MCT后并发症发生率显着高于MCT对于4cm或更小的HCC。