磷酸酶结构表明它们可能比其他类别的PTP更适合小分子抑制。例如，开发PTP抑制剂的一个挑战是PTP过量带正电的活性P环通常只能容纳带负电荷的抑制剂，这些抑制剂具有较差的细胞渗透性和较低的生物利用度。然而，磷酸酶中的P-环非常疏水，这表明它们可能偏好更疏水的底物或抑制剂，这将具有更好的细胞膜渗透性。
　　 靶向PTP的另一个障碍是活性位点高度保守，使得选择性正构抑制剂的开发非常困难。磷酸酶的几个独特的结构特征显示出克服这个问题的希望。例如，磷酸酶比其他PTP具有更浅且开放的催化袋，暗示不同的底物特异性。催化Cys104和Cys49之间的二硫键在磷酸酶活性中的调节作用还表明调节二硫键形成的分子可特异性地影响磷酸酶活性。独特的CAAX异戊烯化基序和磷酸酶可能的内在三聚化也可以为磷酸酶特异性抑制剂的开发提供不同的目标，而不是其它PTP。磷酸酶-1三聚体破坏剂化合物-43成功开发，并且在体外和黑素瘤的鼠异种移植模型中显示出对磷酸酶-1致癌活性的抑制作用。然而，该化合物是否也抑制磷酸酶-2/3尚未见报道。
　　 磷酸酶-3的开放和非活性构象与磷酸酶-1的开放和非活性构象显着不同，磷酸酶-1处于闭合/活性构象。磷酸酶-3很可能在底物结合时经历显着的构象重排，而磷酸酶-1可能不会。磷酸酶-2的apo结构尚未定义，其与细胞周期蛋白M3复合物的构象也显示出与磷酸酶-1相似的闭合/活性构象。因此，在磷酸酶-3中观察到的底物结合时可能的构象重排和稳定化表明，可以结合磷酸酶的无活性构象以防止构象重排的变构抑制剂可以是有效的磷酸酶抑制剂。最后，磷酸酶在结合细胞周期蛋白M以调节镁水平中的新作用为开发可破坏这种结合的抑制剂提供了新的起点。磷酸酶表达和活性的规定发生在许多层面，包括基因扩增，以及转录，翻译和翻译后水平，并已经过审查。这些类型的调节机制现在被认为是开发新型PTP抑制剂的目标;将类似的策略应用于磷酸酶抑制剂开发的未来努力将是有益的。例如，已经认识到PTP中催化半胱氨酸的氧化还原调节在控制PTP活性中起重要作用。当PTP1B的催化半胱氨酸被细胞内活性氧转化为亚磺酸时，PTP失去其磷酸酶活性，因为亚磺酸不再是亲核试剂。该氧化过程是可逆的，尽管亚磺酸可以进一步氧化成不可逆的形式。已经开发了几种小分子来靶向氧化的PTP1B中间体，包括砜稳定的caranions，1.3-二酮衍生物和dimedone。磷酸酶受到类似的氧化还原调节，使其成为抑制磷酸酶功能的可行策略。
　　 PTP活性也受变构激活的调节。例如，广泛的生物学和结构实验表明，蛋白激酶磷酸酶3经过大量构象排列，在与其生理底物ERK2结合后，形成封闭/活化的催化环。。在转基因斑马鱼药物筛选中鉴定出小分子蛋白激酶磷酸酶3抑制剂-2-亚苄基-3-2,3-二氢-1H-茚-1-酮，并进一步研究表明，BCI在底物结合时阻断了蛋白激酶磷酸酶3的构象重排，特别是阻止D262残基被拉近P环。如上所述，磷酸酶-3很可能在底物结合时经历显着的构象重排，而磷酸酶-1/2可能不会。针对磷酸酶-3中构象重排的关键残基可能导致鉴定特异性磷酸酶-3抑制剂。
　　 除了靶向调节机制之外，专门针对个体磷酸酶的替代策略在于磷酸酶抗体。迄今为止，抗体在体内不同磷酸酶中显示出良好的选择性。例如，在小鼠中过表达磷酸酶-1的转移性肿瘤的形成仅被磷酸酶-1磷酸酶抗体阻断，但不被磷酸酶-3磷酸酶抗体阻断。一致地，仅磷酸酶-3磷酸酶抗体而非磷酸酶-2磷酸酶抗体具有阻断磷酸酶-3过表达转移性胃肿瘤的形成的能力。然而，基于抗体的疗法通常用于靶向细胞表面上的抗原或分泌的蛋白质，磷酸酶阳性癌细胞表面不会出现磷酸酶。目前有不同的证据表明磷酸酶单克隆抗体如何靶向细胞内磷酸酶。一个是磷酸酶磷酸酶抗体可以进入完整细胞。抗体摄取是正常细胞和癌细胞中已被证实的现象。另一个潜在的机制是磷酸酶-3蛋白可以分泌，并作为磷酸酶单克隆抗体的诱饵，磷酸酶-3磷酸酶抗体在磷酸酶-3+肿瘤微环境中的富集得到了支持，但在磷酸酶-3-肿瘤微环境中没有。小鼠胃肿瘤模型。磷酸酶蛋白分泌是否是不同肿瘤的一般特性仍需要验证。磷酸酶Ab抑制肿瘤形成的确切分子机制仍然是难以捉摸的，尽管NK和B细胞似乎对磷酸酶磷酸酶抗体的抗肿瘤作用很重要。另外，纳米抗体最近已成为潜在的肝癌晚期治疗剂。纳米抗体源自骆驼科动物重链抗体，由单个抗原结合可变结构域组成，具有优于常规抗体的几个优点，包括小尺寸，在严格条件下的稳定性，非免疫原性，并且具有高特异性和亲和力。纳米抗体能够穿透细胞膜，使其成为靶向细胞内蛋白质的理想选择。开发专门针对单个磷酸酶的纳米抗体，阻断其催化结构域或将其锁定在开放构象中，是一种值得探索的潜在治疗肝癌晚期策略。
　　 磷酸酶的致癌作用已经确立，并且这些磷酸酶现在被认为是肝癌晚期中有吸引力的治疗靶标。在我们从工作台搬到床边之前，仍有一些关键问题需要回答。例如，磷酸酶的生理基质是什么？恶性条件下的底物是什么？磷酸酶如何参与调节肝癌晚期进展？对磷酸酶结构的更深入理解将允许我们定义磷酸酶蛋白与其底物相互作用的方式，并将导致特定小分子抑制剂的发展。反过来，这些小分子将促进磷酸酶功能的更深入研究，并最终导致药物开发。