计算机断层扫描每年识别数百万个肺结节，其中许多未被诊断为恶性或良性。在许多情况下，通过活检技术进行组织病理学诊断是不可能的或不确定。绝大多数这些结节是良性的，但是许多良性结节的患者经历了不必要的手术。据估计，只有百分之二十的肺结节患者接受活检或手术，实际上有肺结节恶性。因此，存在对一种非侵入性临床测试，可以良性和恶性结节。
　　 减轻使用侵入性和昂贵的肺结节评估医疗程序的诊断测试的性能和开发要求如下。
　　 首先，医生要求阴性检测结果以高概率正确，以确保不会意外消除恶性结节，即高阴性预测值，这是正确的阴性测试结果的百分比。
　　 其次，诊断测试必须经常为临床效用和经济效益提供可操作的结果。这对应于测试的特异性，即通过测试正确称为良性的良性结节的百分比。特异性表明通过测试可以确定的良性肿瘤患者的比例。第三，必须在来自多个独立站点的预期用途样本上开发和验证诊断测试，而不会对关键临床参数产生人口偏差。预期用途样品定义为放射学发现和病理证实的恶性或良性结节，直径小于30毫米。预期使用人群中现在和以前吸烟者的发生率很高，因为这是肺癌的重要危险因素。
　　 第四，开发和验证研究应符合严格的测试开发指南，例如最近由医学研究所提供的指南。
　　 在这里提出了13种蛋白质血浆测试或分类器，满足上述性能和开发要求。使用多反应监测质谱来衡量候选蛋白的浓度在血浆中。选择反应监测分析的好处包括高蛋白特异性，大复合能力，高灵敏度，显着动态范围，以及快速可靠的分析开发和部署。选择反应监测已被用于小分子分析物的临床试验多年，最近，在生物学相关的检测。
　　 验证研究的设计与发现研究的设计相同，但涉及与未在发现研究中评估的独立受试者相关的血浆样品。验证研究中的原始选择反应监测-质谱数据集以与发现数据集相同的方式标准化。通过在两个研究中使用样品作为外部校准物，减轻了发现和验证研究之间的差异。有关详细信息请参阅补充材料。然后将验证研究中缺失的数据替换为发现研究中相应转变的最小检测值的一半。将归一化的，校准的过渡强度应用于先前在训练阶段中学习的最终分类器的逻辑回归模型，从中将分类器分数分配给各个样本。然后根据分类器评分评估验证样品上肺结节分类器的性能。